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发布时间：2024-12-11 16:03

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在主页右上角有一个Analysis选项，我们直接单击就可以打开下面的界面：

第一个功能：Scan by genes。可以直接查询多个基因在肿瘤里的表达和与预后的关系, 然后单击Explore就可以打开新界面.

这里我们看到分析的链接有GEx profile和Survival Profile，说的分别是基因的表达情况和基因表达与预后的关系，而后面的HPRD，Genecards等是相关的数据库.

大家看到左侧是肿瘤类型，右侧是分组类型，在上图中显示的红绿箱式图就是左侧的乳腺癌（Breast invasive carcinoma），分组标准是Major Cancer Stages，显示的就是某个基因在正常组和原发乳腺癌（Primary Tumor）组的差异和统计结果。

当然，我们还可以看到基因与患者预后的结果关系，通过一开始界面的survival profile.

下面，我们再看第二个功能：Scan by gene Classes。在这个界面：

我们看到有各种类型的gene class，有的是蛋白类型，比如激酶kinase，泛素连接酶，蛋白酶，磷酸酶，还有根据功能划分的，比如细胞周期，凋亡，转移，还有通路的，比如p53，Hedgehog通路等。

也就是说，我们可以直接查看这一类基因在TCGA中的数据情况，这里我们以P53通路为例，选好后直接单击explore，这是我们看到的结果：

左侧是基因名，中间是基因在不同肿瘤中的表达和预后结果，最后是数据库链接，最上面的search for genes还可以直接对这个表格里面的基因进行搜索。

文章引自：小张聊科研

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