Starbase数据库使用

Starbase

数据库使⽤

这个⽹站我们在（资源帖）

S5E28: lncRNA

常⽤数据库⼤盘点

(

上

)

提到过，但是没有深⼊展开，

此⽹站甚是强⼤，当为研究⾮编码

RNA

必备神器之⼀。下⾯我们重点看最常⽤的四⼤功能：

⼀、根据

microRNA

找⾮编码

RNA

（⽐如

lncRNA

，

circRNA

等）

⼆、根据

microRNA

找

mRNA

靶点；

三、查找

ceRNA

调控分⼦；

四、查找

RNA

的结合蛋⽩；

下⾯我们直接看例⼦：

⼀、根据

microRNA

找⾮编码

RNA

在上图选择

miRNA-lncRNA

互作，我们以

miRNA 125a-5p

为例，选择

miRNA 125a-5p

：

选择筛选的严格程度

, 

我们按照最低的：

low stringency

：

接下来：

选择在

14

种肿瘤中，⾄少出现

1

个，

lncRNA

可以空着：

点击

Search

，出现两条：

⼀个是

Targetsite,

单击显⽰具体的结果：

然后选择

Cancer Num

：

这⾥显⽰的是

hsa-miR-125a-5p

和

XIST(lncRNA)

表达负相关，

r=-0.159

，

P=0.0156

。接着点击

Expression Profile

：

选择

Cancer Type

肿瘤类型和

Chart Type

图标类型，这⾥我们选择

Boxplot

箱式图：

当然，如果⼤家觉得只有

Xist

和

NEAT1

两条

lncRNA

，数量少些，那可以把肿瘤数量设置为

0

：

网址：Starbase数据库使用 http://c.mxgxt.com/news/view/198404

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