据某媒体爆料，本周一下午，孙杨与朱志根师徒两人在训练中发生冲突，教练朱志根不但动手打了孙杨，而且据说孙杨的手臂都还被打伤。据悉，浙江省体育局的有关领导仍在设法为二人调解，但两人能否再一次“冰释前嫌”尚不得而知，这已经不是孙杨第一次被朱志根打。上一次的风波还未完全烟消云散，没想到新的冲突又发生了。
1月30日，孙杨亲口证实已有女朋友，是一个比他大5岁的空姐，但是据媒体报道孙杨和该空姐的恋情并没有得到家人和教练的认同。2月1日，在多日不正常训练后孙杨在游泳馆出现，教练朱志根批评他因为搞对象影响训练，但孙杨史无前例顶撞教练，“你的训练太落后了，我不跟你练了”。朱指导怒上心头，“我本来就不想带你，从今天起不带你了”。当有记者电话采访朱志根时，他也明确承认孙杨是说了希望换换教练。师徒俩的关系开始恶化。
2月2日，对于与恩师发生的矛盾，孙杨否认与恩师闹掰，他回应说：“根本没这回事，我也不太想去看这些报道，有些事越描越黑。”而江省体育技术学院副院长张亚东表示，自己目前尚未得到有关孙杨提出换教练的报告，但他称教练员和运动员之间的摩擦实属正常现象，没有必要小题大做：“我们是不会考虑去换教练的。”朱志根方面则是向学院打报告，表示自己身体不好，为健康考虑不想再带孙杨了。在体育局相关领导介入调解后，他对此事不再回应。
2月3日，孙杨队友爆料称其已经回到游泳队，不过朱志根并没有带他，朱志根的其他弟子也没有和孙杨一起跑圈，孙杨独自一个人在跑步机上跑步。2月4日再爆出因为受到孙杨提出换教练的打击，朱志根高血压的老毛病这两天又犯了，甲状腺结节的旧疾也复发。
2月4日，浙江体育职业技术学院领导对孙杨的问题做出了初步处理：第一：孙杨做出深刻的检查，视检查的结果做出进一步处理意见；第二：对孙杨提出通报批评，扣发一个月的训练津贴；第三：暂停孙杨的一切社会商业活动，包括个人代言。
当天孙杨事后首次现身，他拿着A4纸打印的检查，前来与与会领导见面，但并未接受任何媒体的采访，也没有对事情表态。据现场媒体介绍，院方表示孙杨完全接受学院对于他的处罚决定，并在当天上午前去找过教练朱志根进行道歉和解，可惜没有找到人。 就孙杨寻找朱志根道歉一事，记者也联系朱志根本人询问，不过后者怒气冲冲：“我根本不知道这件事！有什么事找领导说去！”说罢便将电话挂断。
一个月之后，也就是3月4日下午在浙江体育职业技术学院游泳馆门口，在媒体的见证下，孙杨主动给了恩师一个深情的拥抱，随后便在朱志根的带领下开始了训练，这也让持续近一个月的师徒风波有了一个皆大欢喜的结局。张亚东还透露，在2日晚间的聚餐上，孙杨和朱志根都流下了热泪，“毕竟十年师徒情分在，很多事情给点时间慢慢就会解决的。”
4月9日，2013年全国游泳冠军赛暨全运会资格赛已在郑州落下帷幕。这历时8天的比赛，是孙杨在风波之后的泳池内首次亮相，恢复系统训练尚不足1月的他，以1分44秒99获得男子200米自由泳冠军，以3分42秒93获得男子400米自由泳冠军，以7分45秒60获得男子800米自由泳冠军，以14分48秒10获得男子1500米自由泳冠军。值得一提的是，孙杨这四项夺冠成绩均排在了今年的世界第一位。
4月20日媒体爆料称本周一（4月15日）下午，孙杨与朱志根师徒两人在训练中发生冲突，教练朱志根不但动手打了孙杨，而且据说孙杨的手臂都还被打伤。据悉，浙江省体育局的有关领导仍在设法为二人调解，但两人能否再一次“冰释前嫌”尚不得而知。
