基于Galaxy平台及miRspring的测序数据分析技术研究

【摘要】： 随着计算机技术及生物技术的发展,基因测序技术已经逐渐成熟并逐步应用于指导各类医学应用。为了进一步分析基因序列中各基因的作用和影响,对测序基因组进行基于计算机统计学的分析研究具有重要意义。本文主要针对于多细胞生物基因组中的一种非编码RNA基因测序数据进行分析研究,主要研究内容和创新点如下:1.分析了目前的基因测序数据研究的背景和现状。首先,阐述了miRNA的发现、概念、特点及主要功能;其次,总结了现有miRNA测序技术研究的现状;接着,指出了现有研究中存在的主要问题;最后,给出了基于Galaxy平台及miRspring的测序数据技术研究的基本思路和主要方法。2.提出了基于Galaxy平台及miRspring的测序数据分析方法。该方法主要将Galaxy平台与miRspring软件进行集成,通过可视化的测序数据分析方法,对测序后的miRNA序列数据进行加工计算,从而实现对各种测序数据的分析与对比,进而挖掘其中蕴含的多种规律以指导实际应用。3.设计了一款基于Galaxy平台及miRspring的测序数据分析系统。该系统包括数据预处理模块、集成的Galaxy平台与miRspring模块、可视化结果呈现模块、对比分析模块、用户管理模块等功能模块,实现了对miRNA测序数据的分析挖掘。该系统可对正常及非正常测序基因组进行对比分析,从而指出表征异常或疾病的基因指标,具有较好的通用性。4.测试分析了系统的各项功能和相关性能。首先,利用系统对待测试数据进行衔接子切除、数据库对比、二进制转化及排序索引化,测序系统数据预处理模块的功能;接着,对预处理后的数据进行测试分析;然后,通过可视化模块对测序数据分析结果进行呈现,并利用对比分析模块对比多个正常与异常样本的分析结果;从而验证了系统的功能及性能;最后,根据测试结果,总结了系统实现的功能和存在的不足。最后,对全文工作进行了总结,并指出基于Galaxy平台及miRspring的测序数据分析技术值得进一步研究的相关问题。

【学位授予单位】：战略支援部队信息工程大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018

1 Peter Robert Williams;星系的数值模拟[D];中国科学院研究生院（上海天文台）;2004年 2 Ashraf Ayubinia;[D];中国科学技术大学;2023年

网址：基于Galaxy平台及miRspring的测序数据分析技术研究 http://c.mxgxt.com/news/view/722939

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