NAR：刘光慧/周园春/曲静/张维绮合作建立细胞谱系多组学数据库

细胞谱系形成和转化在哺乳动物整个生命周期中经历了复杂的转录和表观遗传改变。深入研究谱系分化、维持和退变有助于全面了解器官发育、稳态、衰老和疾病等重要生物学过程。随着高精度多组学技术的迅猛发展，针对人类和小鼠等模式生物的谱系相关研究已产生海量数据，建立相关的数据资源平台用以存储、管理和整合多组学数据已成为迫切需求。

2022年10月28日，中国科学院动物研究所刘光慧研究组、中国科学院计算机网络信息中心周园春研究组、中国科学院动物研究所曲静研究组和北京基因组研究所（国家生物信息中心）张维绮研究组合作，在Nucleic Acids Research期刊发表了题为：Lineage Landscape: a comprehensive database that records lineage commitment across specie 的研究论文。

该研究建立了谱系全景数据库——Lineage Landscape，从转录组、单细胞转录组、表观基因组等不同层面的数据集，捕捉了人类和经典模式生物等10余个物种从胚胎、胎儿、成人到老年阶段细胞谱系的变化，实现了不同条件下基因表达改变的汇聚融合（图1）。

图1. Lineage Landscape数据库

Lineage Landscape数据库实现了对细胞谱系不同层次、不同时期的多维组学数据的收录和整合。用户可以方便地访问并查询兴趣基因在不同物种、不同发育阶段的变化。总体而言，Lineage Landscape收集了超过660万个细胞的数据，包括1500万个差异表达基因条目信息。数据库将不断更新和整合不同组学层次的高质量数据集，从而为相关研究领域提供宝贵的资源。

此外，团队于2020年建立了Aging Atlas（AA）数据库，于2021年建立了Regeneration Roadmap（RR）数据库。这些数据库迄今已服务来自全球75个国家的16万名访问者。Lineage Landscape（LL）、Aging Atlas（AA）和Regeneration Roadmap（RR）三个姊妹库将形成资源互补，共同推动发育、衰老和再生生物学的学科发展。

该数据库由中科院动物所、北京干细胞与再生医学研究院、中国科学院计算机网络信息中心、中科院干细胞与再生医学科学数据中心、中国科学院数据总中心、中科院北京基因组所、首都医科大学宣武医院国家老年疾病临床研究中心等机构合作完成。

中科院动物所刘光慧研究员、中科院计算机网络信息中心周园春研究员、中科院动物所曲静研究员和中科院北京基因组研究所张维绮研究员为共同通讯作者。首都医科大学博士研究生燕浩腾、中科院计算机网络信息中心助理工程师王容昊、中科院动物所、北京干细胞与再生医学创新研究院“致一”研究员马帅、中科院计算机网络信息中心工程师黄道然、首都医科大学宣武医院国家老年疾病临床研究中心研究员王思、中科院北京基因组研究所研究员任捷为共同第一作者。此外，数据库建设也得到了中科院计算机网络信息中心高级工程师陈昕和高级工程师路长发的支持。

论文链接：

https://doi.org/10.1093/nar/gkac951

数据库（LL）链接：

http://data.iscr.ac.cn/lineage/#/home

数据库（AA）链接：

https://ngdc.cncb.ac.cn/aging/index

数据库（RR）链接：

https://ngdc.cncb.ac.cn/regeneration/index

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2025-05-06 21:19:39

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